معتصم عباسی (هشتمین خلیفه عباسی) در سال ۲۲۶ هجری قمری دستور تخریب مسجد را صادر کرد و بعداز خریداری مسجد امام حسن مجتبی فکوری مشهد کردن املاک گوشه و کنار مسجد، بنایی گرانقدرخیس به حجم حدود 1 هکتار با به عبارتی طریق خراسانی رزرو مسجد امام حسن مجتبی فکوری مشهد ساخته شد. در حفاریهای شمال شرقی مسجد، بقایایی از روستای یاوان به آدرس مسجد امام حسن مجتبی فکوری مشهد دست آمده میباشد؛ روستایی که گفته می شود مسجد بر روی املاک خریداری گردیده از ساکنان آن ایجاد شده است. این مسجد علاوه بر صحن و شبستان، کتابخانهای با بیش تر از 170000 جلد کتاب داشت و کلاسهای درس هم در آن تشکیل میشد. دیوارها از کاهگل و سرخ بودند و دیوار خشتی بلند و قطوری دورتادور مسجد قرار داشت. استقرار آلبویه در اصفهان، توسعه و آبادانی را به ارمغان آورد و تاثیراتی هم بر مسجد جامع داشت که اضافه شدن ردیفهای آجری با نقش و نگار مثلا آنان بود. در سال ۴۴۲ هجری قمری، طغرل سلجوقی بر اصفهان مسلط شد. میگویند زمانی طغرل سلجوقی اصفهان را به محاصره خویش درآورد، شدت سوز و سرما به حدی بود که عموم برای زنده ماندن، با ردیفهای چوبی مسجد حریق برپا کردند. پس از طغرل، آلپ ارسلان و ملکشاه و وزیر با تدبیرش، خواجه نظامالملک طوسی تغییرات متعددی در اصفهان به وجود آوردند. بدین ترتیب قرن پنجم-ششم هجری قمری با بیشترین دگرگونی برای مسجد جامع اصفهان همراه بود. کممعدود تغییراتی به مدل رازی در معماری مسجد داده شد که یکیاز آن ها تبدیل شبستان به تراس بود. گنبد نظامالملک درین مجال ساخته شد و تشکیل داد گنبد تاجالملک نیز شکل گرفت. حیاطها در 4 سو و یکی از پس از دیگری صورت گرفتند و مسجد جامع اصفهان از مسجد شبستانی به مسجدی به مدل چهارایوانی تغییر یافت. با مرگ ملکشاه در سال ۴۸۵ قمری، بازار اختلافات سیاسی و مناقشات مذهبی داغ شد و اصفهان از رونق بهزمینخورد. اسماعیلیان در ربیعالاول ۵۱۵ هجری قمری به خیال و خاطر خشم از اقدامات حکومت بر علیه آن ها، مسجد جامع را به حریق کشیدند و آموزشگاهها، صومعهها، مخازن و کتابخانه تبارک مسجد از بین رفتند. در به عبارتی سال تجدید بنای مسجد شروع شد و تراسهایی چهارگانه، شبستانها و چهلستونهایی به مدل رازی صورت گرفتند.در سال ۵۹۰ با انقراض سلجوقیان، خوارزمشاهیان حکومت را به دست گرفتند و در سال 663 هجری قمری مغولان ویرانگر از طریق رسیدند. مسجد جامع اصفهان در زمان ایلخانان، صاحب زیباترین محراب گچبری بعدازظهر ایلخانی شد و به مکان شبستان ردیفدار، فضایی یکدست و بدون ردیف پدیدآمد. این مسجد در زمان تیموری (قرن نهم هجری) هم تغییراتی به خویش روءیت کرد که از آن پاراگراف ساخت شبستان تازه و صورتگیری راهروها بود. در سال ۸۷۴ هجری قمری آققویونلوها به اصفهان رسیدند و تغییرات متعددی در آن به وجود آوردند. بعضا معتقدند در این زمان مسجد جامع بیشترین تغییرات را داشت. در بعدازظهر صفوی ساخت نورگیرها تحولی در فروغ و روشنایی مسجد تشکیل داد و کاشیها، لوحها و کتیبههایی با خط ثلث و نستعلیق به ضلعهای شرقی، غربی و جنوبی اضافه شد. در بعد از ظهر قاجار این سازه مورد بیتوجهی قرار گرفت؛ اما مرمتهای محدودی را در آن اعمال دادند. سکوهای آجری برای ادای نمازهای مغرب و عشا در تابستان هم درین زمان ساخته شدند.
معتصم عباسی (هشتمین خلیفه عباسی) در سال ۲۲۶ هجری قمری دستور تخریب مسجد را صادر کرد و بعداز خریداری مسجد امام حسن مجتبی فکوری مشهد کردن املاک گوشه و کنار مسجد، بنایی گرانقدرخیس به حجم حدود 1 هکتار با به عبارتی طریق خراسانی رزرو مسجد امام حسن مجتبی فکوری مشهد ساخته شد. در حفاریهای شمال شرقی مسجد، بقایایی از روستای یاوان به آدرس مسجد امام حسن مجتبی فکوری مشهد دست آمده میباشد؛ روستایی که گفته می شود مسجد بر روی املاک خریداری گردیده از ساکنان آن ایجاد شده است. این مسجد علاوه بر صحن و شبستان، کتابخانهای با بیش تر از 170000 جلد کتاب داشت و کلاسهای درس هم در آن تشکیل میشد. دیوارها از کاهگل و سرخ بودند و دیوار خشتی بلند و قطوری دورتادور مسجد قرار داشت. استقرار آلبویه در اصفهان، توسعه و آبادانی را به ارمغان آورد و تاثیراتی هم بر مسجد جامع داشت که اضافه شدن ردیفهای آجری با نقش و نگار مثلا آنان بود. در سال ۴۴۲ هجری قمری، طغرل سلجوقی بر اصفهان مسلط شد. میگویند زمانی طغرل سلجوقی اصفهان را به محاصره خویش درآورد، شدت سوز و سرما به حدی بود که عموم برای زنده ماندن، با ردیفهای چوبی مسجد حریق برپا کردند. پس از طغرل، آلپ ارسلان و ملکشاه و وزیر با تدبیرش، خواجه نظامالملک طوسی تغییرات متعددی در اصفهان به وجود آوردند. بدین ترتیب قرن پنجم-ششم هجری قمری با بیشترین دگرگونی برای مسجد جامع اصفهان همراه بود. کممعدود تغییراتی به مدل رازی در معماری مسجد داده شد که یکیاز آن ها تبدیل شبستان به تراس بود. گنبد نظامالملک درین مجال ساخته شد و تشکیل داد گنبد تاجالملک نیز شکل گرفت. حیاطها در 4 سو و یکی از پس از دیگری صورت گرفتند و مسجد جامع اصفهان از مسجد شبستانی به مسجدی به مدل چهارایوانی تغییر یافت. با مرگ ملکشاه در سال ۴۸۵ قمری، بازار اختلافات سیاسی و مناقشات مذهبی داغ شد و اصفهان از رونق بهزمینخورد. اسماعیلیان در ربیعالاول ۵۱۵ هجری قمری به خیال و خاطر خشم از اقدامات حکومت بر علیه آن ها، مسجد جامع را به حریق کشیدند و آموزشگاهها، صومعهها، مخازن و کتابخانه تبارک مسجد از بین رفتند. در به عبارتی سال تجدید بنای مسجد شروع شد و تراسهایی چهارگانه، شبستانها و چهلستونهایی به مدل رازی صورت گرفتند.در سال ۵۹۰ با انقراض سلجوقیان، خوارزمشاهیان حکومت را به دست گرفتند و در سال 663 هجری قمری مغولان ویرانگر از طریق رسیدند. مسجد جامع اصفهان در زمان ایلخانان، صاحب زیباترین محراب گچبری بعدازظهر ایلخانی شد و به مکان شبستان ردیفدار، فضایی یکدست و بدون ردیف پدیدآمد. این مسجد در زمان تیموری (قرن نهم هجری) هم تغییراتی به خویش روءیت کرد که از آن پاراگراف ساخت شبستان تازه و صورتگیری راهروها بود. در سال ۸۷۴ هجری قمری آققویونلوها به اصفهان رسیدند و تغییرات متعددی در آن به وجود آوردند. بعضا معتقدند در این زمان مسجد جامع بیشترین تغییرات را داشت. در بعدازظهر صفوی ساخت نورگیرها تحولی در فروغ و روشنایی مسجد تشکیل داد و کاشیها، لوحها و کتیبههایی با خط ثلث و نستعلیق به ضلعهای شرقی، غربی و جنوبی اضافه شد. در بعد از ظهر قاجار این سازه مورد بیتوجهی قرار گرفت؛ اما مرمتهای محدودی را در آن اعمال دادند. سکوهای آجری برای ادای نمازهای مغرب و عشا در تابستان هم درین زمان ساخته شدند.